在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。 不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴， 栖息着奇妙奇怪的生物们， 沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。 “阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。 如此，多次挑战大洞穴的冒险者们， 陆续得到了“探窟家”的名号。 住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可， 梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并...

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机...

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。 不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴， 栖息着奇妙奇怪的生物们， 沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。 “阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。 如此，多次挑战大洞穴的冒险者们， 陆续得到了“探窟家”的名号。 住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可， 梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并...

小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）...